Pada 29 Januari 1839, Darwin menikahi sepupunya Emma Wedgwood di Maer dalam sebuah upacara Anglikan yang diatur bersesuaian dengan kaum Unitarian. Pada mulanya mereka tinggal di Gower Street, London, berpindah pada 17 September 1842 ke Down House di Downe, di selatan Orpington, Kent, England.
